Si les premières A6 de dernière génération ont connu quelques menus soucis (des caprices portant sur les V6 TDI notamment, modèles 98 et 99), l'Allroad est apparue après que l'usine ait procédé aux rectifications nécessaires.

Aucune information n'est remontée quant à des problèmes récurrents sur les exemplaires en circulation. Les seuls soucis à redouter, hérités de l'A6, portent sur le système anti-pincement des vitres électriques qui peut perturber la remontée (nécessitant une reprogrammation en atelier) ou quelques anecdotiques faux contacts sur les véhicules équipés de sièges électriques.

Hormis ces deux réserves minimes, l'Allroad Quattro fait honneur à la réputation d'Audi, en pouvant se prévaloir d'une fiabilité irréprochable.