Si sa devancière Y10 faisait preuve d'une endurance peu convaincante, l'Ypsilon ne bénéficie d'aucune défaillance chronique sérieuse, exception faite de sa transmission automatique (à variation continue, uniquement sur le 1,2i, en 8 ou 16 soupapes), dont les casses étaient fréquentes peu après 50 000 kilomètres. On note une amélioration à partir de l'été 1997 (millésime 1998), mais elle ne saurait prétendre à une endurance légendaire !
Les premiers moteurs 1,2i 16v (jusqu'au millésime 1999) ont connu quelques soucis de programmation du calculateur d'injection, engendrant un ralenti instable. Un problème résolu en après-vente, par une reprogrammation.
Pour ce qui est des organes annexes, les modèles d'avant 1999 ont connu quelques légers soucis. Plus que de réelles tares, il s'agit essentiellement d'une mauvaise aptitude au vieillissement de certains éléments, à remplacer à des kilométrages peu élevés. C'est notamment le cas de l'embrayage - d'autant plus que l'Ypsilon est principalement utilisée en ville - et des amortisseurs. C'est aussi le cas des commandes de vitres électriques, pouvant se bloquer, ou du circuit de climatisation, pour lequel les solutions ont été apportées en après-vente.
Dernier réel point faible de l'Ypsilon, la médiocre qualité de l'autoradio de série, se caractérisant autant par une mauvaise réception des stations que par un antiparasitage perfectible, parfois "simplement" dû à un mauvais raccordement de l'antenne !