Sur le plan purement mécanique, l'Octavia mise sur les gènes des Volkswagen pour afficher un bilan très flatteur. On retrouve, comme sur tous les modèles équipés des mêmes moteurs, les soucis de forte consommation d'huile sur les TDI 90 et de gestion électronique défaillante pour les TDI 110. Ces derniers ayant aussi connu, sur les modèles 1999, quelques cas de destruction des composants céramique du catalyseur, phénomène qui se retrouve sur l'ensemble des voitures du groupe équipées de ce moteur. Les TDI sont fréquemment affectés par une défaillance du fusible de pompe d'injection.
En ce qui concerne les organes mécaniques annexes, les relais de démarreur sont globalement capricieux (tous modèles), tandis que l'anti-démarrage électronique, dès les modèles 1998, était si efficace qu'il devenait parfois impossible de démarrer même avec la bonne clé de contact !
Au chapitre des équipements et de la finition, le bilan est terni par des pannes fréquentes de moteurs de vitres électriques, affectant potentiellement tous les modèles et entraînant des réparations coûteuses : elles frisent les 500 € ! D'autre part, le choc thermique occasionné par l'utilisation du dégivrage a provoqué plusieurs cas de bris de lunette arrière…