Les points noirs de la Primera concernent son train avant fragile et son moteur turbo diesel. Pour ce dernier, ce sont les modèles antérieurs au restylage de 1999 qui sont les plus touchés, un constat qui se vérifie d'ailleurs pour la plupart des avaries.

Le moteur 2.0 TD, modèles 97 à 99, souffre de faiblesses chroniques du joint de culasse, pouvant entraîner la casse du bloc. Certains modèles présentent également des à-coups à l'accélération et une instabilité du ralenti à froid (allant jusqu'à caler), ou ont connu de fortes baisses de puissance, ainsi que des pannes d'accélérateur. Pour le joint de culasse et les baisses de puissance, des rappels ont été organisés dans le réseau.

Le train avant fait preuve d'une grande fragilité qui se traduit par une usure prématurée des pneus avant, mais surtout par des claquements sur les inégalités de revêtement, qui interviennent peu après 50 000 km. Le remplacement des bras de suspensions est parfois nécessaire pour résoudre le problème.

Peu d'autres anomalies sont à constater, hormis une forte baisse du ralenti sur le moteur 1.6 lors de l'utilisation des accessoires électriques, quelques dysfonctionnements de l'assistance de direction lors des manœuvres (tous modèles), ou encore une boîte de vitesses récalcitrante à froid.

En ce qui concerne la finition de l'habitacle, aucun souci majeur n’est à déplorer, même si elle s'avère toujours moyenne en dépit des progrès accomplis lors du restylage de septembre 1999.