Bien plus fiable que sa devancière, la Toledo profite de moteurs et d'organes annexes en provenance directe de la banque d'organes du Groupe Volkswagen. Peu de faiblesses majeures sont donc à déplorer, et les seuls défauts qui l'ont affectée se retrouvent pour l'immense majorité sur ses cousines Audi et Volkswagen.

Du côté des moteurs, le 1.6 essence de 101 ch a connu quelques soucis d'à-coups à l'accélération, phénomène très répandu, notamment sur la Volkswagen Golf. Le 1.9 TDI 90 ch est toujours aussi gourmand en huile, tandis que le 1.9 TDI 110 ch, notamment les premiers exemplaires, souffre du même problème que sur les modèles Audi et VW : un ralenti instable et des risques de calage en passant au point mort ou en débrayant. Un problème résolu depuis en usine, dès le millésime 2000, par de nouveaux réglages du calculateur d'injection.

La faiblesse majeure des Toledo se situe au niveau des accessoires, les rétroviseurs électriques souffrant, sur les premiers modèles, de dysfonctionnements sérieux. Le problème a rapidement été résolu en usine. Enfin, l'autoradio, au demeurant de bonne qualité, ne bénéficie pas d'un système antiparasite suffisamment performant. Un "détail", qui peut s'avérer agaçant à l'usage !