La première et principale nouveauté concerne bien entendu le départ qui sera donné au Pérou, à Lima, la capitale du pays.


De plus, si plusieurs pays encore non traversés par le Dakar avaient manifesté leur intérêt de l’être, la Dakar 2013 demeurera fidèle à ses « classiques ». La cinquième édition disputée en Amérique du Sud débutera le 5 janvier 2013 de Lima, pour s’achever deux semaines plus tard dans la capitale du Chili, Santiago du Chili, le 20 janvier.


Dans l’intervalle, les concurrents du Dakar auront traversé la Cordillère des Andes pour rejoindre le nord-est de l'Argentine. Cette « barrière » sera une nouvelle fois franchie pour rentrer au Chili.


Quatre étapes se dérouleront au Pérou avec notamment un passage par le désert de l'Acatama. Le Chili aura également droit à quatre jours de course. Une journée de repos est programmée le 13 janvier à San Miguel de Tucuman, en Argentine, pays qui accueillera cinq étapes.