Ce matin, sur le circuit du mont Fuji, la 3e séance des essais libres du GP du Japon n’aura duré que quelques minutes. En effet, comme la météo régionale japonaise l’avait annoncé hier, le temps dans la région du mont Fuji était déplorable. La pluie de la nuit a détrempé la piste et un épais brouillard a empêché le décollage de l’hélicoptère de sécurité médicale et n’a pas permis aux pilotes de tourner. Après plus d’une demi-heure d’interruption, seuls 3 pilotes ont inscrit un temps avant que cette 3e séance soit définitivement arrêtée. Au terme de cette micro séance, Alex Wurz termine devant Nico Rosberg et Jarno Trulli.

Au départ de la séance de qualification du GP du Japon, la météo n’est guère plus clémente que ce matin. Il pleut toujours sur la piste du mont Fuji et le brouillard est toujours présent. Malgré ces conditions, la piste est ouverte pour 15 minutes et les pilotes s’élancent. Felipe Massa est le premier à inscrire un temps : 1’27’’586. Le pilote brésilien est suivi par Lewis Hamilton et Fernando Alonso. Alors que Sebastian Vettel part en tête-à-queue sur la piste détrempée, Fernando Alonso prend le commandement en 1’25’’379. Après 13 minutes, Felipe Massa reprend la tête et seuls 13 pilotes ont inscrit un temps. La première phase de cette qualification est terminée alors que Ralf Schumacher percute Sakon Yamamoto. Les pilotes suivants sont éliminés : Rubens Barrichello, Alex Wurz, Anthony Davidson, Adrian Sutil, Takuma Sato et Sakon Yamamoto.

La piste est de nouveau ouverte pour 15 minutes. Fernando Alonso prend immédiatement le haut de la feuille des temps avec un chrono en 1’24’’978. Le pilote espagnol est suivi par Lewis Hamilton et Felipe Massa. Du côté de l’écurie Toyota, Ralf Schumacher ne prend pas part à cette séance pour l'instant, afin de préserver sa 16e place. Son moteur sera transféré dans le mulet pour la course. Lors de son accrochage avec Sakon Yamamoto, sa monoplace a été endommagée. Lewis Hamilton prend le commandement en 1’24’’753 devant Fernando Alonso. La deuxième phase est terminée et les pilotes suivants sont éliminés : Giancarlo Fisichella, Heikki Kovalainen, David Coulthard, Jarno Trulli, Vitantonio Liuzzi et Ralf Schumacher. Dans le top 10, on trouve la Toro Rosso de Sebastian Vettel.

La piste est ouverte pour les 15 dernières minutes. Lewis Hamilton est le premier à sortir de l’allée des stands, il est suivi par Fernando Alonso et Sebastian Vettel. Fernando Alonso prend la tête avec un temps en 1’25’’596. Kimi Raïkkönen se loupe un peu dans un virage et Fernando Alonso en fait autant, mais prend quand même le commandement avec un chrono en 1’25’’689. Felipe Massa passe par son stand pour changer de pneumatiques. Il ne pleut plus sur Fuji, mais la piste reste mouillée par endroits. Le ballet dans les stands se poursuit avec Iceman, Nick Heidfeld et Lewis Hamilton. Les pilotes restent en pneus intermédiaires. Fernando Alonso est en tête avec un chrono en 1’25’’539 devant Kimi Raïkkönen et Lewis Hamilton. Fernando Alonso enfonce le clou : 1’25’’438, mais Lewis Hamilton le surpasse avec un chrono en 1’25’’368 dans la dernière minute. Le pilote britannique réalise la pôle du GP du Japon devant Fernando Alonso, Kimi Raïkkönen, Felipe Massa, Nick Heidfeld, Nico Rosberg, Jenson Button, Mark Webber, l’étonnant Sebastian Vettel et Robert Kubica.