La 3e séance des essais libres du GP du Japon sur le circuit de Suzuka s'est déroulée sous le soleil et sur une piste sèche. Le changement de météo a permis aux voitures équipées de pneumatiques Bridgestone de mieux s'exprimer face à celles montées en pneumatique Michelin.

Cette séance a donc été largement dominée par la Scuderia Ferrari. Felipe Massa et Michael Schumacher ont pris tour à tour le haut de la feuille des temps. Seule la Toyota de Ralf Schumacher est venue rivaliser avec les deux Ferrari et réalise le deuxième temps de cette deuxième journée en 1'31''863. La première place revient à Michael Schumacher en 1'30''653. Les deux pilotes Renault, Fernando Alonso et Giancarlo Fisichella n'ont pas réussi à revenir sur les deux frères Schumacher et se classent respectivement 5e et 4e de cette dernière séance des essais libres.